Enzymové přípravkyjsou odvozeny z organismů a jsou obecně bezpečnější a lze je použít ve vhodných množstvích podle potřeb produkce. Existují tři hlavní skupiny mikroorganismů, které produkujíenzymové přípravky: vláknité houby, kvasinky a bakterie, využívající hlavně dobré vzduchové bakterie. Kmeny a použití několika hlavních průmyslových enzymů jsou následující:
(1) Amylázy
Amyláza hydrolyzuje škrob za vzniku pastovitých malto-oligosacharidů a maltózy. Vyrábí se hlavně ponořenou fermentací Bacillus subtilis a Bacillus licheniformis rodu Bacillus, která produkuje termostabilní enzymy. Kromě toho se také vyrábí ponořené a polotuhé kvašení s kmeny Aspergillus a Rhizopus, které je vhodné pro zpracování potravin. Amyláza se používá hlavně pro výrobu cukru, desizifikaci textilu, zpracování fermentačních surovin a zpracování potravin. Glukoamyláza může hydrolyzovat škrob na glukózu, kterou nyní téměř všechny produkuje Aspergillus niger ponořená fermentace pro výrobu cukru, výrobu alkoholu, zpracování fermentačních surovin atd.
(2) Proteáza
Nejpoužívanější kmeny a produkční odrůdy. Použijte Bacillus licheniformis, Bacillus pumilus a Bacillus subtilis k produkci bakteriální proteázy submerzní fermentací; používat ponořenou fermentaci Streptomyces a Aspergillus k produkci neutrální proteázy a kyselé proteázy Aspergillus k depilaci kůže, změkčení kožešin, farmacii a potravinářství; Některé bakterie rodu Mucor procházejí polotuhou fermentací za vzniku syřidla, které nahradí syřidlo původně extrahované z tele žaludek při výrobě sýra.
(3) Glukózaizomeráza
Odrůda, která se rychle vyvinula v 70. letech. K získání buněk Streptomyces se používá první, ponořená fermentace. Po imobilizaci se roztok glukózy převede na sirup obsahující asi 50% fruktózy. Tento sirup lze místo sacharózy použít v potravinářském průmyslu. Použití amylázy, glukoamylázy a glukózoisomerázy k výrobě fruktózového sirupu z kukuřičného škrobu se stalo jedním z rozvíjejících se cukrovarnických průmyslových odvětví.